Kaikkien koirien turkin väri rakentuu keltaisesta feomelaniinista, tummasta eumelaniinista ja valkoisesta, joka on pigmentin puutetta. Feomelaniinin sävy vaihtelee lähes valkoisesta (kuten valkoisella länsiylämaanterrierillä) voimakkaankin punaiseen (kuten punaisella irlanninsetterillä). Eumelaniini voi olla mustaa, harmaata, ruskeaa tai punaista. Eumelaniini tulee feomelaniinin päälle. Kaikkien mäyräkoirien karvoissa vaikuttavat molemmat em. väripigmentit, pois lukien punakeltaiset koirat, joilla on turkissaan vain feomelaniinia. Valkoinen tarkoittaa mäyräkoirilla rinnassa ja joskus käpälissä ilmeneviä, ei-toivottuja laikkuja.

Jokaisen mäyräkoiran perusväri on punainen, riistanvärinen tai musta punaisin merkein (=merkkivärinen). Pigmentti vaikuttaa kirsun ja kynsien värin lisäksi myös turkin väriin muuttaen esimerkiksi mustan koiran punaisin merkein ruskeaksi keltaisin merkein. Tämän lisäksi tulevat mahdolliset kuviot (laikullisuus eli merle ja juovikkuus eli brindle) ja punakeltaisuus (ee).

Geenien sijaintia kutsutaan lokukseksi, jossa on kaksi alleelia eli versiota geenistä, yksi kummaltakin vanhemmalta. Alleelit voivat olla keskenään samoja, jolloin yksilö on kyseisen alleelin suhteen homotsygootti (esim. musta punaisin merkein on homotsygootti a^ta^t). Alleelien ollessa erilaiset, yksilö on heterotsygootti (esim. a^y a^t on punainen, mutta kantaa merkkivärisyyttä).

A-lokuksessa (agouti) vaikuttavat geenit a^y, a^w ja a^t . Näistä ensimmäinen on punaisen turkin geeni (useimmilla roduilla puhutaan soopelista), toinen riistanvärisyyden ja kolmas merkkivärisen geeni, mikä mäyräkoiralla tuottaa värin musta punaisin merkein. Geenit dominoivat toisiaan siten, että punainen dominoi muita ja riistanväri merkkiväristä. Punainen mäyräkoira ei yleensä ole täysin yksivärinen ja tasavärinen missään karvanlaadussa, vaan punaisten karvojen seassa on useimmiten tummempaa karvaa, jonka määrä ja laajuus vaihtelevat. a^ya^w on väriltään punainen riistanvärinen eli karvassa esiintyvistä vyöhykkeistä keskiosa on punainen. Tavallisessa riistanvärisessä a^w a^w karvan keskimmäinen vyöhyke on harmaa. 

A-sarjan alleelien yhdistelmät ilmiasuineen. Punainen on sekoitus eumelaniinia ja feomelaniinia. Merkkivärisissä värimerkit ovat feomelaniinia, muuten turkin värin aiheuttaa eumelaniini. Riistanvärisessä yksittäisissä karvoissa vuorottelevat eumelaniini- ja feomelaniinivyöhykkeet.

B-lokuksessa määräytyy koiran pigmentin ja tummimman mahdollisen eumelaniinin väri: musta B tai ruskea b. Musta dominoi ruskeaa, eli BB ja Bb tuottavat mustan pigmentin (musta kirsu ja kynnet, tummat silmät) ja bb ruskean (ruskea kirsu ja kynnet, vaaleammat usein vihertävät tai kellertävät silmät). Punaisella a^y -bb tummimmat karvat ovat ruskeita, eivät mustia kuten mustapigmenttisellä punaisella a^y -B-.

B-lokus määrää eumelaniinin tummimman sävyn. B-alleelin läsnä ollessa musta pigmentti.

E-lokuksessa mäyräkoirilla esiintyy kahta alleelia: dominoiva E (normaali väri) sekä resessiivinen e (resessiivinen punainen, punakeltainen). Ee ja EE tuottavat normaalin värityksen, mutta ee estää eumelaniinin muodostumisen, jolloin tuloksena on koira, joka on kauttaaltaan väriltään kellertävän punainen. Suomessa tästä ee-väristä käytetään nimitystä punakeltainen ja sen turkin värin saa aikaan feomelaniini. Kirsu ja kynnet voivat olla mustat tai ruskeat riippuen B-lokuksesta. Punakeltainen koira on syntyessään kellertävä tai kullanvärinen, selvästi vaaleampi kuin punainen pentu. Aikuisenakaan punakeltaisella ei ole yhtään tummaa karvaa turkissaan. Turkin sävy voi vaihdella vaaleasta kermanvärisestä kellertävään ja kuparinpunaiseen. Punakeltaisia pentuja on aiemmin rekisteröity vaihtelevilla nimillä (kermanvärinen, cream, keltainen). On myös mahdollista, että punakeltaisia on rekisteröity punaisiksi. Punakeltainen on FCI-rotumääritelmän mukainen hyväksytty väri eikä punakeltainen koira ole mitenkään virheellinen värinsä vuoksi.  Suomessa punakeltaisia on ainakin pitkä- ja lyhytkarvaisten mäyräkoirien eri kokomuunnoksissa.

Punakeltaisen koiran turkissa eivät näy merle- tai brindlegeenin aiheuttamat kuviot, koska ne muodostuvat eumelaniiniin, jota punakeltaisella koiralla ei ole. On kuitenkin huomioitava, että punakeltainen väri voi periytyä lukuisten sukupolvien takaa eivätkä laikut voi erottua punakeltaisessa pohjassa edes vastasyntyneessä pennussa (kryptinen merle). Tämän takia punakeltaista pentua, jonka vanhemmista toinen on laikullinen, pitää kohdella kuin se olisi laikullinen, jotta sitä ei myöhemmin vahingossa yhdistettäisi toiseen laikulliseen yksilöön. Värin rekisteröinnissä on nykyään myös vaihtoehto laikullinen punakeltainen, mutta tätä väriä rekisteröitäessä on oltava yhteydessä Kennelliittoon. Väri on mahdollista todeta geenitestin tai koiran jälkeläisten perusteella.

E-lokus vaikuttaa pigmentin leviämiseen. E tuottaa normaalin karvan värin (EE ja Ee), ee tuottaa resessiivisen punaisen (punakeltaisen) värin.

Suomessa mäyräkoirilla esiintyy kahta kuviota: M-lokuksessa merlegeeni, joka haalistaa hallitsevan värin eumelaniinia (musta, ruskea, punainen, riistanvärinen) muodostaen vaaleampia laikkuja turkkiin ja joskus silmiin. Juovikkaan värityksen aikaan saa K-lokuksessa sijaitseva k^br, joka tekee tummia eumelaniiniraitoja feomelaniiniin. Mäyräkoirilla esiintyy tiettävästi K-lokuksessa brindlegeenin lisäksi vain resessiivinen k-geeni, joka ei aiheuta muutosta väritykseen. Toisin sanoen mäyräkoirilla riittää, että koira perii toiselta vanhemmaltaan k^br-alleelin ollakseen juovikas, koska juovikkuus on dominoiva suhteessa ei-juovikkaaseen väritykseen.  Merle- ja brindlekuviot voivat esiintyä samassa koirassa.

Laikullisuus ilmenee koirassa, jos se perii merlegeenin toiselta vanhemmistaan (Mm). Toivotuin laikullisuuden ilmenemismuoto ovat mahdollisimman tasaisesti jakautuneet laikut siten, että laikkuja ja tummempaa väriä olisi suunnilleen yhtä paljon. Koira on kuitenkin laikullinen myös, vaikka sillä olisi vain miltei huomaamaton vaaleampi viiru jossain kohtaa turkissaan. Silmissä ilmetessään laikullisuus aiheuttaa silmän värikalvolla vaaleamman kohdan (ns. herasilmä) tai jopa kokonaan sinisen silmän, mikä ei ole toivottavaa, muttei hylkäävä virhekään. Laikullisessa punaisessa punaisen ja laikkujen kontrasti on heikoin ja laikut voivatkin jäädä hankalasti havaittaviksi etenkin pitkäkarvaisilla mäyräkoirilla turkin kasvaessa. Laikullisia esiintyy kaikissa mäyräkoirien karvanlaatu- ja kokomuunnoksissa. Laikullisten koirien kohdalla on kuitenkin muistettava, että kahden laikullisen yhdistäminen on kiellettyä eikä pentuja rekisteröidä. Koiran periessä merlegeenin eli laikullisuuden molemmilta vanhemmiltaan (MM), sillä on suurentunut riski erilaisiin kuulon kehityshäiriöihin.

M-lokuksessa mm antaa normaalin värin. Mm aiheuttaa vaaleita laikkuja eumelaniiniin. MM eli kahden laikullisen yhdistelmät ovat kiellettyjä terveyssyistä eikä tällaisten yhdistelmien pentuja rekisteröidä.

Juovikkaiden koirien kohdalla olisi syytä välttää merkkiväriseen (musta punaisin merkein a^ta^t  BB tai a^ta^t  Bb, ruskea keltaisin merkein a^ta^t  bb) tai merkkiväriä kantavaan (a^ya^t) kumppaniin yhdistämistä, sillä juovikkuus ilmenee näissä merkkivärisissä vain värimerkeissä, jolloin ne eivät ole puhtaat ja selkeärajaiset eikä rotumääritelmäkään tunne tällaista värivaihtoehtoa. Laikullisen ja juovikkaan yhdistelmä ei sekään ole suositeltava, sillä kirjavan pennun rekisteröinti oikein on vähintään haastavaa ja jopa mahdotonta, sillä ”juovikasta laikullista” ei ole valittavana mahdollisissa väreissä. Juovikkaita esiintyy Suomessa lähinnä lyhytkarvaisten mäyräkoirien keskuudessa, mutta myös pitkäkarvaisissa.

K-lokuksessa sijaitseva alleeli k^br aiheuttaa tummia pystysuuntaisia eumelaniiniraitoja punaiseen feomelaniinipohjaan. Merkkivärisessä koirassa juovikkuus näkyy siis vain värimerkeissä.

Värin rekisteröinti mäyräkoirille on pakollista. Värin oikea tunnistaminen ja rekisteröinti on tärkeää, koska se vaikuttaa mahdollisesti laajastikin tulevien koirasukupolvien suunnitteluun. Jos värien määrittely tuntuu haastavalta tai syntyy erikoisen värisiä pentuja, voi ottaa yhteyttä jalostustoimikuntaa ja pyytää apua. Myös värigeenien testaaminen on mahdollista.

Mäyräkoirille tällä hetkellä rekisteröitävät värit:

• punainen
• punainen tummin peitinkarvoin
• punainen, ruskea kirsu
• musta punaisin merkein
• ruskea keltaisin merkein
• punakeltainen
• riistanvärinen
• punainen riistanvärinen
• punainen riistanvärinen, ruskea kirsu
• ruskea riistanvärinen
• laikullinen musta punaisin merkein
• laikullinen ruskea keltaisin merkein
• laikullinen punainen
• laikullinen punainen, ruskea kirsu
• laikullinen riistanvärinen
• laikullinen ruskea riistanvärinen
• laikullinen punainen riistanvärinen
• laikullinen punainen riistanvärinen, ruskea kirsu
• juovikas
• musta juovikkain merkein
• ruskea juovikkain merkein

Värien periytymistä käsiteltäessä on huomioitava se, että eri sarjojen alleelit periytyvät toisistaan erillään. A-sarja määrittää perusvärin (riistanvärinen, punainen, merkkivärinen), B-sarja pigmentin (musta tai ruskea), E-sarja vaikuttaa värin ilmenemiseen (resessiivinen ee estää eumelaniinin muodostumisen), M-sarjan dominoiva alleeli aiheuttaa väriin laikkuja ja K-sarjan dominoiva alleeli aiheuttaa juovikkuutta. Erityisesti tapauksissa, joissa molemmat vanhemmista kantavat resessiivisiä ominaisuuksia, kuten merkkivärisyys ja ruskea pigmentti, jälkeläisten värivaihtoehtojen määrä kasvaa.

Jokaisen kasvattajan olisi tärkeää tuntea värigenetiikkaa ja käytettävissä olevan jalostusmateriaalin taustat mahdollisimman hyvin myös värien suhteen, sillä monet resessiiviset alleelit kulkevat useita sukupolvia tulematta esiin, mutta ne eivät silti häviä. Pentueen värijakauma voi olla ihan mitä tahansa, koska laskennalliset todennäköisyydet toteutuvat vasta useilla kymmenillä pennuilla. Laikullisuuteen liittyy molemmilta vanhemmilta perittynä vakavia terveysriskejä, minkä vuoksi laikullisuuteen tulee kiinnittää erityistä huomiota värejä rekisteröitäessä. Myös punakeltainen väri asettaa haasteita, sillä se kätkee A-, K- ja M-sarjojen vaikutuksen väriin eikä laikullisuuskaan siksi näy ulospäin.

Värigenetiikka on kiehtovaa eikä kaikkia mäyräkoirien väreihin vaikuttavia geenejä vieläkään tunneta. Erikoisten värien tavoittelu ei saa koskaan olla ratkaiseva jalostuskriteeri, mutta kasvattajan tulee ennakkoon miettiä toteuttamiensa yhdistelmien mahdollisia värejä. Pentujen synnyttyä olisi jatkon kannalta ensiarvoisen tärkeää tunnistaa ja rekisteröidä värit mahdollisimman oikein, jotta aiempien sukupolvien väritiedot olisivat todellisuutta vastaavina tiedossa. Epäselvissä ja kysymyksiä herättävissä tilanteissa voi lähestyä jalostustoimikuntaa, joka mielellään auttaa värien määrittelyyn ja periytymiseen liittyvissä aiheissa.